这一天小智一行人来到了一个叫‘黑云市’的地方，这里都是黑烟袅绕，臭味弥漫。
小智他们来到小精灵中心后立刻关上了门，然后小智说道：“终于呼吸到新鲜空气了，不那么臭了。”
“你也真是的，我们女孩子都没说什么呢，你倒好。”小霞对着小智说道。
这时从里面出来了一只小磁怪红着脸对着皮卡丘转圈。
小智看到后说道：“这是怎么回事啊，小磁怪就算要谈恋爱也不用找皮卡丘啊。”
“是这样的，因为我们黑云市连接海洋的排水口堵住了所以小磁怪才会有这种现象。”护士小姐走出来说道。
“这样啊，我记得在书上看到过，那么护士小姐，请问黑云市明明是一个空气干净的1级工业城市怎么会变成这样呢，难道排水口堵住没人疏通吗？”小智问道。
“是有人去疏通过，但是都被那里的未知小精灵给攻击了，之后就没人敢去了，所以黑云市就变成了现在这副模样。”护士小姐说道。
小智听到后说道：“未知小精灵？我去看看，皮卡丘，我们走，对了，小霞，你们就在这里休息吧。”
小智对着小霞她们说完就走了，皮卡丘也立刻跟了上去，因为自己实在被小磁怪烦的受不了了。
小智来到排水口，臭味越来越呛人。
小智捂着嘴说道：“皮卡丘，没问题吧。”
皮卡丘点了点头。
然后小智继续前进，在临近排水口的时候就遭到了一发泥浆爆弹，小智反射性的躲开了。
然后说道：“皮卡丘，十万伏特。”
借着十万伏特的光芒小智看清了攻击他们的是臭泥，可是臭泥躲开十万伏特后就逃跑了。
“追。”
这时小智拿出图鉴，靠着图鉴上面的灯光向臭泥追去。
小智庆幸当初设计图鉴的时候加上了灯光，要不然这次没带手电筒恐怕要抹黑前进了，看来以后要向图鉴里多加一些功能。
小智追到排水口处看见一群臭泥的身后是一只臭臭泥。
然后说道：“臭臭泥，你就是臭泥他们的老大了吧，你为什么要堵住排水口呢？还攻击人类。”
“皮，皮。”
皮卡丘这时拉着小智的裤脚，小智向皮卡丘指着的方向看去，看见了鲤鱼王的卵。
于是说道：“臭臭泥，难道你是为了保护鲤鱼王的卵才把排水口堵住的吗？”
臭臭泥高兴得笑了。
“这样啊，的确，排水口一旦排水就会把这些卵给毁掉，臭臭泥，真亏你干得出来。”
小智看着在排水口不远处的卵说道。
就在这时，那些卵发出了白光，诞生出了十几只鲤鱼王，接着那些鲤鱼王就鱼入大海了。
小智看到后对着臭臭泥说道：“好了，臭臭泥，这下你可以放开排水口了吧。”
小智说完臭臭泥就让臭泥散开，顿时臭味没有了，黑云shi长时间堆积的排放物排入大海，天空重现蓝天白云。
就这样小智准备回小精灵中心的时候被臭臭泥拦住了，小智听不懂臭臭泥说些什么就放利欧路。
利欧路对小智说道：“爸爸，臭臭泥说他想跟你一起走。”
于是小智拿出一个精灵球臭臭泥就自己进去了。
第二天小智他们告别了护士小姐后就又继续出发，然后来到了一处山林中发现山中正在进行水坝工程，可是运行材料的卡车都被地上莫名的洞坑给陷住不能前进。于是工程队的队长就发出消息说：‘谁能摆平那些捣乱的地鼠就奖励谁10万联盟金币。’
当然这引来了许多小精灵训练家，其中包括小智他们以及小茂。
小智在训练家当中看见小茂后就喊道：“小茂，没想到你也来了。”
“小智！”小茂听到声音后转过头对着小智说道，“你能来我怎么就不能来，再说了多亏你，爷爷把我的资金冻结了，我也要吃饭住宿的好不好。”
因为大木博士把想小茂的资金冻结后，小茂的生活水平一落千丈。所以就把火发在了小智身上。
“好啊，那我们就是对手了，看谁能先摆平地鼠。”小智说道。
“好啊，这次我可不会输的。”
然后小茂拿出精灵球说道：“出来吧，我的宝贝。”
可是精灵球丝毫没反应，小智看到后笑着说道：：“小茂，你的精灵球里是不是没精灵啊？”
“不可能啊。”小茂说着就拿出别的精灵球挨着试了个遍，可就是没反应。
“我来，皮卡丘，你上。”小智说道。
可是皮卡丘呆在小智的身后丝毫不动。
别的训练家看到后也纷纷抛出精灵球可都是没反应。
这时小茂看到后说道：“这种情况应该是小精灵拒绝战斗，我想这座山可能有什么秘密吧，又或者是你们做了不该做的事才让小精灵不愿意战斗。”
小茂对着施工队的人说道。
“不过，这跟我没关系，好了，小智我要走了，下次再见。”
小茂说完就走了，接着剩下的训练家也走了就留下小智他们。
队长看到小智留下后高兴地说道：“小智君，难道你想帮助我们吗？”
“不是啊，我在想我怎么才能过去这座山。”小智说道。
就在这时出现了一大群地鼠把刚建好的水坝模型给弄毁了。
队长看到后难过地说道：“我的心血……”然后就生气地说道：“可恶，地鼠们，我的心血就这么毁了我绝不放过你们。”
说完队长就拿着铁锤追赶地鼠。
“等等，队长先生，地鼠那么做可能是有原因的。”小智说着就追赶着队长。
然后小智他们追赶着地鼠来到了一片林子中看见所有地鼠正在栽种树苗，小智他们被这一景象震撼了。
于是小智说道：“可能是队长先生你们建的水坝工程会让大自然失去平衡，所以地鼠们才会破坏吧。”
队长只是点着头回应。
“可能大自然中的所有树木都是地鼠他们种的呢。”小霞说道。
就这样小智他们告别了队长继续出发，离浅红市已经不远了，接下来会发生什么事呢……
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